sve zavisi sta instaliras, kako instaliras ...
ako koristis onaj %$#&^_# mysql sto dolazi uz rhel ... i ako si ga normlano dodao u startap onda ce se on na shutdown servera pravilno ugasiti, ako koristis mysql sa mysql.com sajta, zavisno da li si stavio rpm ili tar.gz imas skripte automatski ili moras da ih pravis sam ..
sve u svemu, korisno je da pustis mysql-u shutdown komandu pre nego spustis ceo server posto mysql-u mozda treba malo vise vremena od ostalih servisa